1. 分区明确：严格划分为试剂准备区、样本制备区、扩增区和产物分析区。每个区域功能独立，避免不同操作环节之间的交叉污染。例如试剂准备区专门用于试剂的准备与储存，需保持洁净，避免引入核酸模板等污染物；样本制备区用于样本的处理，操作过程中可能产生气溶胶，应与其他区域严格隔离。
2. 单向流程：设计合理的人流、物流通道，遵循从试剂准备区→样本制备区→扩增区→产物分析区的单向工作流程。工作人员和实验物品按此方向流动，不得逆向返回，防止不同区域的污染交叉传播。例如样本从样本制备区处理后，直接流向扩增区，避免携带扩增产物的样本回流至样本制备区。
3. 缓冲间设置：在不同功能区之间设置缓冲间，起到过渡和缓冲作用。缓冲间两侧的门不能同时开启，可有效减少不同区域间空气的直接对流，降低污染扩散的可能性。如在样本制备区与扩增区之间的缓冲间，可防止样本制备过程中产生的气溶胶进入扩增区，影响扩增反应。
